По мнению следствия, в период с 1998г. по 2004г. при наличии городской очереди нуждающихся в улучшении жилищных условий в количестве 9 тыс. 992 семей глава Вологды А.Якуничев принимал незаконные решения о предоставлении квартир муниципального жилого фонда, приобретенных за счет средств городского целевого бюджетного фонда развития жилищного строительства, физическим лицам, не состоящим на учете нуждающихся в улучшении жилищных условий. Опасаясь привлечения к ответственности за эти действия, мэр Вологды дал взятку должностному лицу за заведомо незаконное бездействие.

Кроме того, как отметили в прокуратуре, он в 2006г. неоднократно в нарушение законодательства незаконно выносил постановления о предоставлении земельных участков под жилищное строительство без проведения аукционов на право аренды или приобретения в собственность данных земельных участков. В настоящее время проводятся следственные действия, направленные на документирование противоправных действий А.Якуничева и сбор доказательств.